枸杞的主要病虫害有：枸杞蚜虫，枸杞瘿螨，枸杞木虱，枸杞锈螨，枸杞红瘿蚊，枸杞实蝇，枸杞蛀果蛾，枸杞卷梢蛾、绢蛾，枸杞裸蓟马等。枸杞负泥虫可在春季灌溉松土，破坏越冬声所杀死虫源，4月中旬于杞园地面撒5%西维因粉，杀死越冬成虫，敌百虫800-1000倍1.枸杞黑果病，又称炭疽病。
1：
枸杞黑果病，为害花蕾、花和青果，可在结果期用1：1：100波尔多液喷射；雨后立即喷50%退菌特可温性粉剂600倍液，效果较好。
2：枸杞灰斑病。危害叶片，病叶上出现圆形，中央灰白色，边缘褐色的病斑，后在叶片背面出现淡黑色的毒状物。从6月开始喷洒1∶1.5∶300的波尔多液或65%代森锰锌500倍液，每隔7～10天喷1次，连喷2～3次。
3：枸杞实蝇，防治可在越冬成虫羽化时，在杞园地面撒50%西维因粉45kg/hm2，摘除蛆果深埋、秋冬季灌水或翻土杀死土内越冬蛹。
4：枸杞根腐病。危害根茎部，发病初须根变褐腐烂，后蔓延至主根发黑腐烂，严重时外皮腐烂剥落，只剩下木质部。
